1.直接費用預算科目由9個變為3個。

原：設備費、材料費、測試化驗加工費、燃料動力費、差旅/會議/國際合作與交流費、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費、勞務費、專家咨詢費、其他支出。

新：設備費、業務費、勞務費。

2.預算調整權全部下放給項目承擔單位和科研人員。

原：設備費調增由項目管理部門審批，其他預算調整由項目承擔單位審批。

新：設備費調整由項目承擔單位審批，其他預算調整由項目負責人自主安排。

3.擴大經費使用包干制實施范圍。

原：在國家杰出青年科學基金等中實施經費使用包干制試點，無需編制項目預算。

新：在人才類和基礎研究類科研項目中推行經費包干制。

4.結余資金不收回。

原：項目結余資金2年內由項目承擔單位統籌安排使用，用于科研活動的直接支出；2年后仍有剩余的，退回項目管理部門。

新：項目結余資金留歸項目承擔單位使用，優先考慮原項目團隊科研需求。

5.提高間接費用比例。

原：500萬元以下的20%，500-1000萬元的15%，1000萬元以上的13%。

新：500萬元以下的30%，500-1000萬元的25%，1000萬元以上的20%。數學等純理論基礎研究項目，進一步提高到60%。間接費用可全部用于績效支出。

6.住房公積金納入勞務費開支范圍。

原：勞務費是指在項目研究過程中支付給參與項目研究的研究生、博士后、訪問學者以及項目聘用的研究人員、科研輔助人員等的勞務費用，以及項目聘用人員的社會保險補助費用。

新：由單位繳納的社會保險補助、住房公積金等納入勞務費科目列支。

7.動態調整績效工資總量。

原：間接費用績效支出納入項目承擔單位績效工資總量控制。

新：中央高校、科研院所、企業結合本單位發展階段、類型定位、承擔任務、人才結構、所在地區、現有績效工資實際發放水平、財務狀況特別是財政科研項目可用于支出人員績效的間接費用等實際情況，向主管部門申報動態調整績效工資水平。

8.全面配備科研財務助理。

原：項目承擔單位要建立健全科研財務助理制度，為科研人員在項目預算編制和調劑、經費支出、財務決算和驗收等方面提供專業化服務。

新：項目承擔單位要確保每個項目配有相對固定的科研財務助理。

9.合并財務驗收和技術驗收。

原：財務驗收和技術驗收都通過，項目驗收才通過。

新：合并財務驗收和技術驗收，在項目實施期末實行一次性綜合績效評價。

10.科研儀器設備采購可不進行招投標。

原：中央高校、科研院所可自行采購科研儀器設備，自行選擇科研儀器設備評審專家。對中央高校、科研院所采購進口儀器設備實行備案制管理。

新：簡化科研儀器設備采購流程，對科研急需的設備和耗材采用特事特辦、隨到隨辦的采購機制，可不進行招標投標程序。